Tiến hành ở bối cảnh chưa từng có trong lịch sử các kỳ đại hội, SEA Games 31 đặt VN vào thử thách cực đại. Ban tổ chức đã thiết kế kịch bản rất kỹ lưỡng về Covid-19 nhằm tránh sự cố về dịch bệnh. Giám sát y tế tại cửa khẩu. Kịch bản này với bộ khung chính được xây dựng bởi Bộ Y tế mà theo một lãnh đạo của ngành thể thao: “VN đón 10 đoàn trong khu vực, đội ngũ quan chức, trọng tài, giám sát, điều phối viên quốc tế, với số lượng khoảng 7.000 người - con số mà chúng ta chưa từng đối mặt kể từ khi dịch bệnh xuất hiện ở VN. Vì thế, công tác phòng chống dịch Covid-19 phải đặc biệt cụ thể, chi tiết đến từng hoạt động nhỏ nhất và kịch bản được áp dụng cho cả đối tượng khán giả quốc tế, trong trường hợp VN mở lại các đường bay cũng như các địa điểm thi đấu đón khán giả”.